本章节以运行 Lammps 软件应用程序为例，详细介绍提交作业、查看作业结果的具体流程。

作业文件说明

Lammps 软件应用过程中，需要用到的作业文件包括：

  • 计算文件，文件格式为 *in，或 .lj。

  • 其他相关文件，文件格式为.restart，__airebo，__lcbop等。

在本次示例中仅使用 .lj 计算文件即可，文件名为 ball.lj，用户可在附录中查看或下载源码。

操作步骤

  1. 创建 EHPC 集群。

  2. 将示例代码 ball.lj 上传至集群文件存储的指定目录下。

  3. 选择产品与服务 > 计算 > 弹性高性能计算 EHPC，进入集群管理页面。点击提交作业，进入提交作业页面。

  4. 用户根据实际情况，选择相应的软件及版本。此处选择 lammps 软件。

    说明

    此处勾选 lammps 软件，版本号选择最新即可。
    sample 2

  5. 参数配置项，作业执行命令选择自定义参数提交，点击选择/上传 .lj 文件，在弹出的选择命令文件窗口中，选择待执行的命令文件，并点击确定，.lj 文件会自动写入。

    说明

    Lammps 软件，平台做了内置的作业命令，不需要用户再提交其他命令文件，这里只需要上传计算执行文件即可。与计算执行文件相关的其他文件，需要放在共享存储的同一个目录文件夹下。
    sample_3

  6. 选择资源后，点击提交作业，系统将自动分配计算任务到计算节点，进入作业状态，等待作业运行结束即可。

  7. 在作业列表中，点击指定作业右侧的详情。

    sample 4

  8. 进入相应作业详细信息页面，选择输出日志页签，即可查看当前作业的标准输出日志。

    sample 5

附录

本次示例中使用到的 Lammps 作业的计算文件源码 ball.lj 内容如下，可从此处下载。

#原子数量
variable npart  equal 800
#体系单位lj
units    lj
#二维体系
dimension 3
#原子类型atomic
atom_style  atomic
#周期性边界
boundary        p p p
#近邻参数
neighbor        6   bin
#邻居列表更新频率
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes
#  box 尺寸
region box block -20 20 -20 20 -20 20
#在 box 内生成 2 种原子
create_box 2 box
#转为二维计算
#fix 3d  all enforce3d
#在 box 内随机生成 800 个原子，原子类型为1
create_atoms 1 random ${npart} 324523 box
#随机生成 1 个类型为 2 的原子
create_atoms 2 random 1 32524523 box
#原子质量
mass   1  1
mass   2  5
#设置力场参数， soft 势
pair_style soft      1.0
pair_coeff 1 1 10.0  1.0
pair_coeff 1 2 10.0  3.0
pair_coeff 2 2 10.0  3.0
#温度初始化
velocity all create 2.0  34234123 dist gaussian
#能量最小化，防止原子重叠
minimize 1e-4 1e-4 1000 1000
#步数初始化为0
reset_timestep 0
#输出设置
#dump        img all atom  10000 atom.xyz
# nve 系综
fix integrator all nve
#热力学输出
thermo_style custom step temp  ke pe
thermo    100
#模拟步长
timestep  0.001
#启动模拟
#输出设置
dump        DUMPFILE all xyz 100 atom.xyz
run    500000